Что-то не улавливаю, как связано проваливание педали при прокачке с подклиниванием поршня в цилиндре?
Прокачной штуцер расположен у основания цилиндра - если в системе нормально создается давление, то при открытии штуцера жидкость сразу пойдет в него, а педаль, соответственно, провалится. Может при этом поршень двигаться в цилиндре или нет - значения не имеет.
Варианты - или загрязнение магистрали и в результате низкое давление у цилиндра; или грязь в самом цилиндре, забившая выход на штуцер. Попробуйте штуцер совсем выкрутить и промыть цилиндр жидкостью под давлением от ГТЦ.
Лучше всего, конечно, сделать суппортам полную профилактику.