Вариант 1: перепутали крышки на шатунных шейках.
Вариант 2: вкладыши не того размера или просто брак.
Вкладыши случаем не ЗМЗ (Дайко Метал)? Встречал такие с перепутанной маркировкой или вообще без маркировки, но ремонтные.
Если крышки точно правильно поставили, попробуйте затягивать шатуны по одному.