В основном, когда перебирают мотор, делают балансировку в сборе коленвал+маховик. Такое не совсем правильно, но, в принципе, допустимо, ибо все равно вряд ли кто-то из таких сборщиков будет маховик менять. Некоторые оригиналы еще и сцепление прикручивают (кто в сборе, кто только нажимной диск). Обосновывают это снижением дисбаланса, чтобы на больших оборотах не было вибраций... вот только мало кто на этих самых оборотах ездит, чтобы так заморачиваться...
По факту же дело обстоит так. Балансировать надо отдельно коленвал и отдельно маховик. Нажимной диск сцепления отбалансирован производителем, на маховик встает на штифты (то есть смещение исключено) и в дополнительной балансировке сборка не нуждается.