пишешь заявление на высвобождение агрегата и все. начальник районного гаи его подписывает, инспектор на месте нахождения списанного авто осматривает и выдает справку, которую ты и несешь в МРЭО.
У самого сейчас точно такая же ситуация. Сначала начальник уперся, мол, автомобиля нет, его не существует, не возможно. Но я проконсультировался в МРЭО пермского края и меня уверили, что все в мою пользу, действуй, мол. Снова пришел к начальнику районного гаи, тот опять посла, я уперся, он позвонил своему начальству и ему объяснили, что он не правильно понимает новый закон. Итог - я получил справки на высвобожденные агрегаты со своего утилизированного москвича, отдельно на кузов, отдельно на движок.