Варианты есть:
1. Подвеска стала жестче - вибрации стали ощущается явственней.
2. Двигатель тяжелее - старые подушки не справляются.
3. У нового движка маховик не отбалансирован.
4. Что-то ослабло, и это совпало с заменой подвески.
5. Покривили, повредили чего, когда меняли подвеску.
Теперь, давай разберемся по очереди. Вибрация проявляется при движении? Или зависит только от оборотов двигателя? И, в каком месте вибрации ощущаются сильнее? Как сцепление влияет на вибрацию? Найдя ответы, вероятно, сам найдешь причину.