5 может шуметь из-за подшипников в задней части вторичного и первичного вала. Заменить можно не снимая КПП с машины. Через заднюю крышку. Масло придется с коробки слить. Нормальные мастера обычно перед установкой б/у коробок проверяют состояние этих и других подшипников, которые можно снять-поставить без основательной разборки КПП. Это стоит немного денег, но без проверки выходит иногда дороже.
Может вы просто не слышите КПП на 3 передаче из-за шума двигателя ? ГП воет обычно сильнее на скорости. А на 1-2-3 скорость небольшая, а движок тарахтит, вот и не слышно. Короче ясно, что КПП не совсем исправна, если есть возможность вернуть продавцу - это будет самый лучший ремонт!