Если коробка не издает сильных посторонних звуков, вряд ли это вылом промежуточной шестерни. Скорее всего открутился фиксатор вилки задней передачи, поэтому шток двигается, а шестерня только чуть-чуть шевелится, отсюда и звук незацепления.
Самое обидное, что для диагностики надо КПП снять и располовинить.