Так-с... Видимо накосячено где-то глубже, но я никак не соображу, где же там можно накосячить с такими последствиями.
Для ясности - у каждого штока по 3 положения. Если смотреть на КПП с задницы, то левый шток - 1-2 передачи, средний шток - 3-4 передачи, правый шток - 5-задняя передачи. Соответственно: левый вперед - 1-я, назад - 2-я; средний вперед - 3-я, назад - 4-я; правый вперед - 5-я, назад - задняя. Среднее положение у всех штоков - нейтраль. При этом в нейтральном положении два штока, вроде бы левый и средний, находятся на одном уровне, а третий выступает чуть над ними.
Вариант - при сборке неправильно установлена одна или несколько вилок.
Еще вариант - косяк допущен при установке КПП, например повредили диск. При выжиме сцепления как ногой чувствуется работа корзины? Все там нормально ходит?