Можно сделать таймер для этой релешки.
Т.е. Включил сигнализацию.. Реле включилось на достаточное время, пока стекла поднимаются, потом выключилось.
Таким образом обесточив систему.
Нужно будет собрать неслужную схемку. Если тебе такой вариант нравится, то я помогу со схемой.
Нужен будет паяльник, радиодетали и более-менее прямые руки.