Во блин.... Тут и не знаешь что предположить.
Положение ручки КПП вроде зависит от механизма в котором он торчит, потом от кулисы, штока переключения передач, подвески коробки и двигателя (поскольку двигатель и КПП это единый узел жестко связанный).
Поскольку коробку и ее подвеску вы заменили, а проблемма на месте, то смотреть все остальное. Т.е. подушки двигателя, их кронштейны, балку, крепление механизма переключения передач к кузову, тягу от этого механизма к КПП, сам кузов в месте крепления КПП и механизма переключения (тоннель КПП). Вроде все.