Дело в том, что это две разные фразы, имеющие несколько разный смысл.
Места в которых мы ездим не совсем правильно, т.к. управление глагола, для данного конкретного случая, не совсем правильно, как правило, мы ездим ПО, редко мы ездим В. Например:
Мы ездим ПО трассе (улице, мосту, набережной и т.д.), НО мы ездим (едем) В тоннеле (тумане, темноте, пробке).
Так же мы ездим на маршрутках, на автобусах.
Места в которые мы ездим, это те места, которые являются нашей целью, конечным пунктом. Т.е. места в которые мы ездим, это, например, дом отдыха , магазин, театр.
Не стоит путать предлоги, мы едем в магазин (кинотеатр, Казань), на работу (курорт, дачу), к морю (родителям, врачу).
Тут было бы грамотнее сказать, с точки зрения смысла темы: места в которых мы бываем, т.к. в данном случае не указывается проезжаем мы это место или оно является целью поездки, мы просто бываем в этих местах.