Ну так остывший антифриз меньше по объему, чем горячий. Соответственно, где-то должна образоваться пустота. Если крышка на расширительном бачке примерзла, замерзла или еще что - воздух подсосать не получается. А может, просто так конфигурация системы сложилась, что в печке возникает место с низким давлением.
Нормальное дело, в общем-то.