Я на Ниве, пока соплю в проводке не нашел от прошлых хозяев, имел похожую проблему. На АКБ напряжение нормальное, а в диагностике ниже 13 вольт, даже иногда Check по низкому напряжению загорался. Долго искал косяк, а сопля оказалась почти на входе в ЭБУ, под кожухом разъема - колхозники решили на силовой провод повесить сигналку и еще что-то, но при этом вместо того, чтобы просто зачистить изоляцию и туда прикрутиться, зачем-то силовой перекусили совсем. Вот там в этой чудо-скрутке и была потеря дикая. Пока нормально не обжал, так и дурила электрика.